Sejarah Singkat
Bermula dari keinginan kuat masyarakat kota Bojonegoro dan Pemerintah untuk menciptkan masyarakat yang cerdas dan beriman sebagai modal dasar membangun bangsa ke depan, tahun 1950 Departeman Agama mendirikan Sekolah Guru Agama Islam Negeri.
Meskipun belum mempunyai gedung sendiri, karena kuatnya tekat Pemerintah dan masyarakat, pendidikan tetap dilangsungkan di rumah-rumah masyarakat. Hal ini berlangsung sampai tahun 1953. Pada tahun 1953 Menteri Agama mengeluarkan keputusan Nomor 35 tahun 1953 SGAN berubah nama menjadi PGAN 4 Tahun yang dinahkodai secara bergantian oleh Bapak R. Doelpakansi (1951-1953), Bapak R. Ngabdullah Soemosegondo (1954), Bapak Said Marzuq (1955) dan Bapak Abu Arifaini (1955-1962). Seiring dengan perkembangan zaman pada tahun 1963 PGAN 4 Tahun disempurnakan menjadi PGAN 6 Tahun. Tampuk kepemimpinan dipegang oleh Bapak Djalal Rosjidi, BA (1963-1980). Pada masa inilah ada sejarah baru, sekolah yang semula menempati rumah masyarakat kini menyewa gedung LP. Maarif pudat di Jalan A. Yani No. 10. Terhitung sejak tanggal 16 Maret 1978 PGAN Bojonegoro 6 Tahun berubah nama menjadi PGAN Bojonegoro. Sepeninggal Bapak Djalal Rosyidi, BA kepemimpinan dijabat oleh Bapak H. Ahmad Wibisono, SH (1980-1989).
Dalam rentang dijabat oleh Bapak H. Ahmad Wibisono, SH tepatnya tahun 1981, PGAN mengukir sejarah baru. Atas bantuan pemerintah dan partisipasi masyarakat (BP3), PGAN mampu membeli lahan yang terletak di Jalan Monginsidi No. 158. di penghujung 1989 Bapak Ahmad Wibisono, SH purna tugas kemudian diganti oleh Bapak Drs. Tauhid (1989-1995). Lagi-lagi sejarah perjalan PGAN Bojonegoro mengalami perubahan yang signifikan, berdasarkan Keputusan Menteri Agama RI No. 64 tahun 1990, PGAN dialih fungsikan menjadi MAN Bojonegoro 2 akhirnya menjadi MAN 2 Bojonegoro. Semenjak beralih fngsi menjadi MAN 2 telah mengalami regenerasi secara alamiah mlai dari Bapak H. Tauhid Anwar (1988-1995), Bapak H. Diman Nasihin (1995-2000), Bapak H. Munandar (2000-2005), Bapak Drs. H. Imam Ahmad, M. Si (2005-2010), Bapak H. Mashad, dan H. Mokh. Mas Ulin, M.PdI (2010 – 2011), Drs. Agung Hidayatullah, M. Pd. I (2011 – 2013), Drs. H. Khoirussalim, M.Pd.I (2013 – 2019), dan Drs. Bambang Wiyono, M.Pd (2019 – Sekarang)
MAN 2 sebagai sekolah menengah umum yang bercirikan keagamaan dalam memberikan layanan pendidikan kepada masyarakat juga menawarkan pengembangan program keterampilan sejak tahun 1995. Beberapa program keterampilan yang dikembangan adalah Tata Busana, Elektro, dan Otomotif (Motor Cycle).
Menyongsong era industri 4.0, MAN 2 Bojonegoro semakin eksist dan berkibat, maju pesat menyongsong Bojonegoro Bangkit, Siap menjadi Generasi Muslim yang Prestatif dan Kompertitif.